据不完全统计，从1991年至2014年共建成近40座跨海大桥，共投资约1000亿，面对如此巨大的财政投资，投资绩效审计成为政府部门重点关注的内容。通过对众多跨海大桥项目进行分析，可以总结出几类对跨海大桥审计带来的难点。
1、管理界面复杂：跨海大桥属于长距离的运输通道，参建人员多，参建工种多，工期要求紧，致使交叉作业多，管理界面复杂。这将加重项目审计工作量，降低审计工作效率，阻碍审计工作的开展。
2、信息传递效率低：跨海大桥投资金额大，建设周期长、涉及部门及单位多，致使信息传递效率低。这将直接导致项目资料信息传递效率低，信息收集不完全，对项目审计的正确性提出挑战，加大了审计难度。
3、施工环境复杂：跨海大桥施工现场大部分在海上，由于海底地质情况复杂、风急、浪大、海水对混凝土的腐蚀性等都对施工过程中施工机械、船舶、设备的性能提出更高的要求，同时要求参建单位对施工方案设计、材料供应计划、工期安排等进行反复讨论确定。
4、施工技术科技含量高：跨海大桥因施工环境复杂，施工质量要求高，项目寿命周期长等特点，施工过程中不能使用常规的施工方法与施工技术。因此，在跨海大桥项目中出现多种施工方法与施工技术，而这种创新技术给审计工作带来了一定的难度。
5、成本控制难度大：跨海大桥投资金额大、施工周期长加上施工条件复杂等特点使项目在过程中出现较多的变更、签证，项目成本控制难度加大，增加了项目审计工作量，加大了审计难度。