文冠果的主要病害为黄化病、霉污病、立枯病等。立枯病又分种腐型、猝倒型和根腐型。种腐型发生于文冠果播种后出苗前，肥料发酵不充分、种子催芽过头、覆土过厚都可引起发病。
后2种类型，发生于出苗后生侧根前，通常与出苗后湿度过大有关。此外还有烂叶型与立枯型。烂叶型与留苗过密、浓雾期长有关，应及早间苗;立枯型为生长点枯死，地表根茎染病，幼苗枯死但不倒。可在播前条施70%五氯硝基苯粉剂22.5～45kg/hm2或用0.2%(种子重量的)赛力散拌种进行预防。
除此之外还有根线虫引起的黄化病，木虱引起的霉污病及黑绒金龟子等。加强苗期管理，及时中耕松土，剪除病株，换茬轮作，可减轻黄化病的发生。
对于霉污病可在早春喷洒50%乐果乳油2000倍液毒杀越冬木虱，7天喷1次，连续喷3次即可控制木虱的发生。对黑绒金龟子可在5月下旬用50%杀螺松乳油0.1%溶液喷洒叶面，杀灭成虫。