红花木莲苗期主要病害有立枯病和根腐病。立枯病多在幼苗出土后的初期发生，因幼苗的根茎部幼嫩，易被立枯病侵染。
一、红花木莲立枯病防治方法
1、用0.5%的硫酸亚铁溶液或1000倍的等量式波尔多液，隔10天喷洒一次。
2、已发病的植株，可用800倍的退菌特药液喷洒幼苗，隔7天喷洒一次进行防治。
二、红花木莲根腐病防治方法：
(1)苗木出土后，在不影响苗木生长的情况下，应少浇水，以不利于发病。
(2对已感染的病株，立即带土挖除，并在病株周围1米范围内进行土壤消毒，药剂可用50%的苯来特可湿性粉剂1000倍液浇灌。虫害有小地老虎、蛴螬，它们为害幼苗的根茎部。
三、红花木莲小地老虎防治方法
1、除草灭虫，保证苗地无杂草，可消灭部分虫卵和幼虫。
2、鲜草诱杀，用多汁的鲜草或莴笋叶切短，以鲜草、敌百虫按99.5：0.5份拌成鲜草饵，放入苗地幼苗附近，隔一定距离撒一小堆，诱杀幼虫。
3、药剂防治，50%辛硫磷乳油1000倍液喷洒苗地。
四、红花木莲蛴螬防治方法
1、黑光灯诱杀，在雌成虫大量产卵之前进行。
2、在成虫发生期，喷施90%敌百虫原药1000倍液。