百日草黑斑病又称褐斑病。此病在全国各地均有发生。被侵染植株的叶子变褐干枯，花瓣皱缩，影响观赏。
百日草黑斑病症状：叶、茎、花均可遭受此病危害。叶片上最初出现黑褐色小斑点，不久扩大为现规则形状的大斑，直径为2毫米～10毫米，红褐色。随着斑点的扩大和增多，整个叶片变褐干枯。茎上发病从叶柄基部开始，纵向发展，成为黑褐色长条状斑。花器受害症状与叶片相似，不久花瓣皱缩干枯。
幼苗期，茎的基部受害时，形成深褐色中心下陷的溃疡斑，病斑逐渐包围茎部，使小苗呈立枯病症状。
百日草黑斑病病原：
为真菌百日草链格孢AlternariazinniaePa-pe。
百日草黑斑病传染途径：此病菌在病叶、病茎等残体上越冬。带病的也可能成为初次侵染源。病菌借风雨传播，在百日草整个生长过程中都可侵染。特别是在高温多湿的气候条件下，发病最为严重。
百日草黑斑病防治方法：
1、选择排良好的地段种植。栽植密度要适当。避免连作。种子播前要进行消毒处理（用50%多菌灵可湿性粉剂1000倍液侵种10分钟）。秋后，病叶、病茎等集中销毁，消灭来年的侵染源。从无病的健康母株上留种。
2、用50%代森锌或代森锰锌5000倍液或80%新万生右湿粉剂600倍液喷雾。喷药时，要特别注意叶背表面喷匀。