一、防空钵：棉种质量差,播种质量低,苗床管理不善等,都会造成空钵缺苗。预防措施：播种前除去烂籽,嫩籽,选晴天晒种2～3天。播种时做到钵湿,种湿。土钵摆好后浇水,一次性浇透,结合药剂浸种,让种子吸足水分。每钵播种1～2粒,播种后盖
1～1.5厘米沙土。盖籽沙土要求细而湿润,为种子发芽出土创造湿润疏松的环境。
二、防烧苗：出苗后,晴天不注意及时通风,易引起高温烧苗,严重时棉苗还会被烫死,造成缺苗。预防措施：抓好揭膜通风降温措施,防止晴天中午前后出现极端高温危害棉苗。出苗后床温宜保持在25℃~30℃。
三、防寒害：揭膜后如不注意及时盖膜,气温急剧下降,易使棉苗受寒,通风口上的棉苗更易受寒甚至受冻。预防措施：在棉苗出土后到3叶期前,根据气温的变化揭开两头通风炼苗,阴天则无须揭膜。平均气温16℃～18℃时,可进行日揭夜盖炼苗,一般于上午9时揭膜,下午5时重新盖膜。
四、防线苗：营养钵幼苗在膜内高温高湿的环境条件下,生长速度快,如管理不当就会旺长成为线苗,达不到壮苗要求。预防措施：一是出苗后及时间苗,每钵留壮苗1株,防止拥挤窜长。二是通风炼苗。适时适度降温降湿,减缓幼苗生长速度。三是使用壮苗素。在子叶平展至分心期,选择晴天中午用壮苗素250倍（或调节胺,助壮素
4000～5000倍）药液喷洒棉苗一次,待药液干后再覆膜保温,具有显著的壮苗效果。四是搬钵蹲苗。在第一片真叶展开时搬钵1次,降低温度和湿度,抑制旺长,促进侧根发育。如棉苗有旺长趋势,可增加搬钵次数,适当控制肥水,以控制疯长。
五、防病害：棉花幼苗主要病害是炭疽病和立枯病。如防治不力,将造成大量死苗。预防措施：首先要搞好营养钵土,盖籽土和种子的消毒工作。营养钵和盖籽土,用20%的稻脚青可湿性粉剂配成