施用有机肥几天后，经常可以看到肥料长出白色的菌丝，大多认为是肥料没有完全腐熟。原料腐熟后，会成粉状，为了某些因素（可能是装袋、施用方便、美观等等），厂商把肥料做成颗粒状，在这个制程中，加入有黏着性的物体（像淀粉、植物胶之类），混合后加入水搅拌成流体，方便用机器成型，最后高温干燥、杀菌，才装袋、储存、销售。
我们施用后，肥料含水量增加，里头又有食物，接触空气、土壤中的微生物后，微生物大量繁殖，于是产生许多肉眼就可以看见的菌丝。这个现象会伤害植物吗？只要肥料的厚度不是太厚，使得温度不会急剧上升，是不会有影响的。这个过程反而是加速肥料的崩解，让肥份、有机质进入土壤内，供植物吸收。
如果直接把有机肥撒在土表上，水份容易蒸发、微生物容易被紫外线杀死，肥料崩解慢，植物吸收就慢，还会吸引一些昆虫来。所以可以稍微翻开土壤，施肥后再把土壤盖回去，让微生物大量繁殖，赶快把后来加入的黏性物质分解掉，加速有机肥崩解的速度，也比较不会引来昆虫（传播病菌、病毒）。
氮元素缺乏：植株矮小，全株叶色淡绿，老叶枯黄过多：植株生长过于旺盛，叶色浓绿，叶大而软弱容易被病虫害感染。
磷元素缺乏：植株生长受阻，叶的宽度变窄，叶片较小，叶色暗绿无光泽，部分作物在老叶及茎呈现紫色过多：植株变矮，叶变肥厚，生育变坏。
钾元素缺乏：生长受阻，水溶性碳水化合物及溶性氮含量增加而蛋白质及淀粉含量降低，老叶的叶缘先端黄化，叶缘叶肉呈现焦枯褐斑，植株软弱，缺水时易萎凋，新叶变暗绿色，伸长抑制变小叶，根的伸长不佳，易腐烂。
松虽是观叶植物，但是并不需要大量的氮肥，毕竟盆栽的要求，是根、干、枝、叶之间的平衡，氮肥过高，容易造成徒长、叶子、节间过长、植株软弱无力，整体而言很不美观（尤其是成品树），而且松菌是非豆科的固氮共生菌，不施氮肥，松菌也能从空气中将氮气转化为可供植物吸收的氮肥（不知道松菌是否有溶磷菌的特性）过多：引起钙镁缺乏。
因为我们大部分所用的是有机肥，其他植物所需的次要元素（Ca、Mg、S）、微量元素，在这方面不会有缺乏的问题。比较需要注意是有机质含量的问题。有机质有一部份是腐质酸。
腐植酸归类在肥料类别中，但其主要功用并非供应“纯生长”的元素，但却有着灌顶加持的特殊功能，尤其对根系。
