施用农药是防治苗木病虫害的重要手段，只有科学合理配置的农药才能有效防治各种苗木病虫危害。农药配置使用时须注意以下几点。
1、苗木有无不良反应和药害：许多苗木对多种农药敏感，应注意打药安全，如樱花、西府海棠、杜鹃等对敌敌畏、氧化乐果很敏感，禁止使用；海棠在高温季节使用浓度高的敌敌畏、氧乐果、杀虫单时也会出现药害；香泡春梢对炔螨特、三唑锡也较敏感，但秋梢影响不大，可以使用。除了直接喷药的苗木之外，套种的和旁边的树苗也要注意安全，如鹅掌楸对敌敌畏敏感，假如鹅掌楸套种在香樟底下或香樟旁边，那么香樟也不得使用敌敌畏。
2、防治的综合性和全面性：苗木常见多种病虫害同时发生，这时就需要群防群治，如香樟可能同时出现叶蜂、红蜘蛛、盲蝽、网蝽、樟个木虱等多种害虫，又如桂花、栾树、茶花立体套种时，这三种苗木可能会同时感染病虫害，这时我们配置农药就得考虑怎样才能同时消灭这些病虫害，从而提高工作效率。
3、考察广谱性和持效期：农药种类很多，各农药的用途和效果各不相同，应根据苗木病虫害综合发生情况而定，如病虫害种类单一，可用专注性强的农药，但如果病虫害种类复杂，得考虑广谱性的农药，这样可以减少农药的使用量和混用的风险。以前面提到的香樟为例，既有食叶类害虫樟叶蜂，又有植食性螨类红蜘蛛，更有刺吸式害虫网蝽、盲蝽、樟个木虱，若药效单一的农药可能需要三种复配，如灭幼脲（针对叶蜂）+啶虫脒（针对网蝽、盲蝽、樟个木虱）+哒螨灵（针对红蜘蛛），若选用广谱性的联苯菊酯或氧化乐果，可能全部灭杀，大大节约了用药量。除广谱性之外，还要考虑持效性。持效性长的药不仅可以节约大量打药时间、人力成本和用药量，还可以减少苗木受害次数。但是，并非所有的长效药都适用，应根据苗木病虫害综合特征而定。如截干香樟新长嫩叶时就适合用长效药控制樟叶蜂反复发生，而没有截干的香樟樟叶蜂一年可能只发生一次，一次打药灭杀就可以了，因而适用价格便宜的短效药。
4、对天敌和有益生物的影响：过去一些常用药对天敌影响非常大，是造成虽经常打药但害虫仍猖獗的主要原因，因此对天敌影响大的药应尽量少用。另外，若苗木靠近水源或蚕桑地，还得考虑农药对鱼类和家蚕的影响，若是花期用药，还需要注意对蜜蜂的危害。
5、农药的成本：园林绿化苗木不像其他经济作物要注意农药残留问题，只要不对天敌和有益生物造成重大影响，还是应该尽量用经济实惠的农药。例如吡蚜酮对蚜虫防治效果好且持效期长，在紫薇上用非常好，可比其他农药节省打药次数和节约用药量，但对红叶石楠球就不合适，原因是蚜虫只危害红叶石楠球嫩叶嫩枝，叶老了蚜虫也就不会危害了，所以只要一次灭杀就可以达到效果，如此一来，完全可以用吡虫啉（持效较短但价格便宜）。
6、能否混合使用和交互抗性：当需要复配农药时，需考虑药物能否混用。如苏云杆菌防治鳞翅目害虫效果好，但不能与杀菌剂和有机磷类农药混用，又如波尔多液是一种既经济效果又优良的杀菌剂，但因不能和绝大多数农药混用，因此苗木生长季节基本用不上。另外，我们都知道轮换用药能降低病虫害的抗药性，但轮换使用中也得考虑农药的交互抗性。如吡虫啉和啶虫脒都是烟碱类农药，具有交互抗药性，即对吡虫啉形成抗药性的害虫也易对啶虫脒形成抗药性，因此这两种药轮换使用意义不大，应选择不同类别或不同原理的药混用，如用氰戊菊酯和甲维盐、百菌清和甲基硫菌灵、腈菌唑和乙密酚等。当然，若能和负交互抗性（对一种药抗药性增强对另一种药抗药性就减弱）的药交替使用效果更好，如多菌灵和乙霉威。
7、使用的方便性：农药使用的方便性决定打药人员的工作效率，需要螯合、过滤或特定时间和特定喷施工具的药剂一般用不上。另外，也应尽量选择拆分方便的药，这样才能提高工作效率，如一大包杀菌剂，需要打二十桶，那么使用起来会非常不方便。简单、方便使用的农药才是植保种常用的农药。
8、操作者的安全：虽然苗木病虫害防治不用当心农药残留问题，但要注意对打药人须安全，对人身不安全的农药不宜使用。
9、温度、天气的影响：许多农药对温度、湿度、光照等敏感。如防治红蜘蛛的药苯丁锡持续期特长，但在25℃以下效果差，而甲氰菊酯正好相反，25℃以下低温才能较长时间发挥功效；又如三唑锡虽然受温度影响小，但对光照要求高，光照强、效果好；光照弱，效果差，所以梅雨季节不适合使用，而绿僵菌正好相反。因此，在选择农药时，还应根据气候、季节等而定。