苗圃育苗技术的发展，使得南木北移、北木南迁成为可能，而随着国内外交流的增多，大量外来的新型观赏苗木不断地涌入我国市场，所以应加强植物检疫，注重苗木流通环节的病虫害防治，防止外来病虫害在本国蔓延。
净化苗木生长环境：净化苗木生长环境轻，能保持苗木培育基地的清洁，做好环境卫生工作，及时排除滋生病虫害的条件，切断苗木病虫害的传染源。例如，定期对园艺工具、温室、土壤进行消毒；对苗木病残落叶进行收集并集中烧毁。具体做法是：熏蒸消毒：傍晚点燃药剂对栽培苗木的日光温室或温室大棚进行熏蒸，在第2天开窗通风。在很长的一段时间内，硫磺粉是最主要的熏蒸药剂，每立方米空间用药剂量是5～10g。现在最常用的熏蒸剂是20%速克灵烟雾剂，用药周期是7～10天/次，每立方米空间用药剂量是2～3g，且连熏3次。市面上还有其他的熏蒸剂在售，具体用法可参照说明。土壤消毒：地栽苗木土壤、温室苗木栽培用土是土壤消毒的主要对象。传统的土壤消毒是炒土，利用高温消灭病虫害，不过容易引起土壤板结，破坏团粒结构。现在最常采用是药剂处理和高压蒸汽灭菌，有效地避免了炒土的缺点。药剂处理是利用40%甲醛溶液（福尔马林）对土壤进行消毒，具体用法是：铺一层土壤喷1次药剂，每立方米土壤用药剂量是200～300mL，用薄膜覆盖密封，7天左右以后摊开薄膜晾晒。对于露地栽培花卉苗木土壤，可采用轮作法，预防地栽土壤带菌。
科学管理：根据生态学特性、生物学特性，对苗木生长期进行管理，比如光、水分、温度、风、土壤营养管理，保证植株的健康生长，提高对病虫害的抵抗能力，防止病虫害的发生。积极引进抗病品种，提供植株自身增抗病虫害能力。在培育苗木的时候，注重植株的多样性，进行合理种植，避免出现大面积地栽种同一种植物，使得植物成为阻挡病虫害的扩散蔓延的屏障。定植后，进行冬季深翻、合理修剪、清除枯枝落叶等科学管理措施。采取措施，尽可能降低害虫的种群密度，比如人工摘除虫巢、开展灯光诱蛾。
生物防治：生物防治（biologicalcontrol）一种环保型植物病虫害防治新技术，利用无公害或公害小的生物去防治公害大的生物，可以分为以虫治虫、以鸟治虫和以菌治虫3大类。生物防治利用了生物物种间的相互关系，通过抑制或消灭的方式来降低害虫的生物种群密度。相对于传统的农药、人口防治方式，生物防治具有环保、无污染、节省人力的优势，是苗木病虫害防治的发展趋势。
药剂防治：对于苗木病虫害的防治，药剂防治具有见效快、使用方便的优势。在使用药剂进行病虫害防治时，应根据病虫害的类别，选择最佳的药剂，最大限度地消灭病虫害，最小限度地污染环境。注重用药方法、用药时机的选择，在最佳的用药时间选用最佳的用药方法（喷洒、浇灌等）能显著提高药剂疗效。应尽量推广、示范，使用高效、低毒、环境友好的药剂，比如，Bt、灭幼脲、甲维盐、绿浪等，上述药剂是目前使用最广泛的无公害药剂。值得注意是，不应长时间使用同一药剂，交替使用多种药剂，避免病虫害出现抗性，保证药剂的有效性。在条件允许的情况下，应及时替换老化、陈旧药械，引进静电喷雾、射程大、可低量喷雾的药械，减少对环境的污染，提高药剂的利用效率和防治效果。