锦溪镇地处长江三角洲,属太湖流域,为淀泖地区。东西长约10.5公里,南北宽约8.5公里,总面积为82.14平方公里,合123206亩。其中水域面积49650亩,占40.3%,是典型的江南水乡之一。境内有淀山湖、长白荡等大小湖荡16个,是极好的天然蓄水库。有三级河道5条,境内流程13.77公里;四级河道4条,总长11.5公里,是灌溉、泄洪与运输的主要河道。还有五级河道152条和建国后新开小河67条,总长194.83公里。整个境内大小河道合计总长度为220.1公里。
锦溪镇属暖温带海洋性气候,湿润温和,四季分明。春季温和,天气晴雨多变。初夏梅雨潮湿,出梅后,天气晴朗炎热。秋季气温逐渐下降,天气凉爽。冬季寒冷,时有冰冻寒潮。年均温 16.9℃;年降水量 1095.1 毫米;无霜期 229天。